El Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud, en sesión plenaria celebrada el día 15 de diciembre de 1997, aprobó el texto del Convenio de Conferencia Sectorial sobre Formación Continuada de las profesiones sanitarias, que fue publicado en el Oficial del Estado número 38, del día 13 de febrero de 1998.

Por su parte, la Consejería de Sanidad, Consumo y Bienestar Social de la Administración de la Comunidad Autónoma de Cantabria, suscribió el Protocolo de adhesión a dicho Convenio, con fecha 2 de noviembre de 1998, publicado en el Boletín Oficial de Cantabria de 9 de diciembre de 1998.

La Resolución de 23 de noviembre de 1998, de la Consejería de Sanidad, Consumo y Bienestar Social contemplaba la creación, bases de funcionamiento y estructura de la Comisión Autonómica de Formación Continuada del Sistema Nacional de Salud del Gobierno de Cantabria. En la citada resolución se establecía que la Consejería de Sanidad, Consumo y Bienestar Social sería la que, en la Comunidad Autónoma de Cantabria ejercería todas las funciones en materia de formación continuada de las profesiones sanitarias que no se encomendaran expresamente en el Convenio a la Comisión de Formación Continuada del Sistema Nacional de Salud, y especialmente las funciones que figuraban en la cláusula cuarta del citado Convenio.

La Ley 16/2003, de 28 de mayo, de cohesión y calidad del Sistema Nacional de Salud, establece en su artículo 34 que la formación y el desarrollo de la competencia técnica de los profesionales deben orientarse a la mejora de la calidad del Sistema Nacional de Salud, exigiendo para ello, entre otros aspectos, la actualización permanente de conocimientos, orientada a mejorar la calidad del proceso asistencial y garantizar la seguridad del usuario.

Tras el traspaso de funciones y servicios del antiguo Instituto Nacional de la Salud a la Comunidad Autónoma de Cantabria y tras la entrada en vigor de la Ley 44/2003, de 21 de Noviembre, de Ordenación de las Profesiones Sanitarias, se hace necesaria una nueva regulación de la citada Comisión con el fin de adaptarla a la nueva situación y dotarla de una estructura que garantice el proceso de acreditación de actividades formativas y la respuesta a las nuevas funciones de Planificación y Coordinación encomendadas.

La citada Ley 44/2003 hace referencia, en su artículo 35 a la acreditación de centros, actividades y profesionales, contemplándose que los organismos de acreditación de la formación continuada habrán de ser, en todo caso, independientes de los organismos encargados de la provisión de actividades de formación acreditadas por aquellos. En su artículo 12 se recoge como uno de los principios rectores de la actuación formativa en el ámbito de dichas profesiones, la actualización permanente de conocimientos, mediante la formación continuada, de los profesionales sanitarios, como un derecho y un deber de éstos. Esta Ley regula, con carácter básico, en el capítulo IV del Título II, la Formación Continuada, dedicándose, esencialmente, a definir la misma, fijar sus objetivos y establecer reglas sobre la acreditación de centros, actividades y profesionales.

El 8 de junio de 2007, se publica en el Boletín Oficial de Cantabria, el Decreto 63/2007, por el que se crea y regula la Comisión de Formación Continuada de las Profesiones Sanitarias de la Comunidad Autónoma de Cantabria, la cual comienza a funcionar el 1 de Agosto de 2008.